We are searching data for your request:
Upon completion, a link will appear to access the found materials.
Chcem začať robiť nejakú prácu so sledovaním veľkosti a rastu jednotlivých bakteriálnych buniek v mikroskope. Aby som mohol analyzovať obrázky, potrebujem softvér, ktorý dokáže segmentovať bunky, presne určiť ich tvar a sledovať bunkové línie na „filme“ obrázkov zozbieraných z jedného experimentu. Vzhľadom na obmedzenia nastavenia môjho mikroskopu je pre mňa najjednoduchšie použiť kmeň baktérií konštitutívne exprimujúcich GFP a segmentovať bunky na základe intenzity fluorescencie. To je funkčne ekvivalentné k segmentovaným snímkam s fázovým kontrastom buniek divokého typu, t.j. nezaujímajú ma zmeny vo fluorescencii alebo používanie fluorescencie ako reportéra génovej expresie, hoci moje potreby môžu smerovať týmto smerom.
Nechcem znovu vynájsť koleso (a myslím si, že je lepšie, ak sa komunita zjednotí okolo niekoľkých programov, ktoré každý používa, takže experimenty môžu byť porovnateľnejšie), takže hľadám predtým publikovaný balík, ktorý je robustný a jednoduché použitie. Flexibilita pri meraní fluorescenčného sledovania je pekná, ale v tejto fáze nie je rozhodujúca. Dva balíčky, ktoré som videl, sú Schnitzcells z laboratória Elowitz v CalTech a Microbetracker zo skupín Emonet a Jacobs-Wagner v Yale. Bohužiaľ boli vydané v rovnakom čase a neposkytujú dobré porovnanie výhod a nevýhod každého nástroja.
Na záver moja otázka znie
Aké sú vaše odporúčania pre sadu na analýzu obrazu (z dvoch vyššie uvedených balíkov alebo iného balíka, ktorý ste použili)?
Dajte mi vedieť, či môžem objasniť moje kritériá alebo niečo iné. Vďaka!
