Informácie

13.4: Súčasná situácia - biológia

13.4: Súčasná situácia - biológia


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Mnoho svetových rybárskych revírov sa zrútilo a v oceánoch sa zdáme byť na ceste, ktorou sa vydali naši predchodcovia na pevninu.

Existujú lepšie ekologické prístupy – napríklad prístup „neustáleho úsilia“ namiesto „neustálej úrody“, ktorú sme tu skúmali – ale ekonomické, sociálne a politické tlaky im zabránili vo veľkom využívaní.

Dúfame, že vám táto kapitola ukázala, že nedostatočné skúmanie ekologických rovníc uplatňovaných vo veľkom môže viesť k katastrofám, že rovnováhy nemožno brať do úvahy okrem ich stability a že riadenie skutočných ekologických systémov vyžaduje pozornosť prírodnej histórie a sociálnych podmienok.

Obrázok (PageIndex{1}). Neskutočne účinné moderné metódy rybolovu.


Za stĺpcovými a čiarovými grafmi: Čas na novú paradigmu prezentácie údajov

Čísla vo vedeckých publikáciách sú kriticky dôležité, pretože často zobrazujú údaje podporujúce kľúčové zistenia. Náš systematický prehľad článkov z výskumu publikovaných v najlepších fyziologických časopisoch (n = 703) naznačuje, že ako vedci naliehavo potrebujeme zmeniť naše postupy na prezentáciu nepretržitých údajov v štúdiách s malou veľkosťou vzorky. Príspevky len zriedka obsahovali bodové grafy, rámčekové grafy a histogramy, ktoré čitateľom umožňujú kriticky hodnotiť nepretržité údaje. Väčšina príspevkov uvádzala súvislé údaje v stĺpcových a čiarových grafoch. Je to problematické, pretože mnoho rôznych distribúcií údajov môže viesť k rovnakému stĺpcovému alebo čiarovému grafu. Úplné údaje môžu naznačovať odlišné závery zo súhrnnej štatistiky. Odporúčame školenie vyšetrovateľov v oblasti prezentácie údajov, podporu úplnejšej prezentácie údajov a zmenu redakčných zásad denníka. Vyšetrovatelia môžu rýchlo vytvárať univariačné bodové diagramy pre štúdie s veľkosťou malej vzorky pomocou našich šablón programu Excel.

Citácia: Weissgerber TL, Milic NM, Winham SJ, Garovic VD (2015) Beyond Bar and Line Graphs: Time for a New Data Presentation Paradigm. PLoS Biol 13 (4): e1002128. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1002128

Publikovaný: 22. apríla 2015

Autorské právo: © 2015 Weissgerber a kol. Toto je článok s otvoreným prístupom distribuovaný podľa licenčného ustanovenia Creative Commons Attribution License, ktoré umožňuje neobmedzené používanie, distribúciu a reprodukciu v akomkoľvek médiu za predpokladu, že je uvedený pôvodný autor a zdroj.

Financovanie: Tento projekt bol podporený cenou číslo P-50 AG44170 (projekt 1, VDG) od Národného inštitútu pre starnutie (http://www.nia.nih.gov/). TLW a SJW boli podporené Úradom pre výskum zdravia žien (Cena za budovanie interdisciplinárnej kariéry v oblasti zdravia žien K12HD065987 http://orwh.od.nih.gov/). Túto publikáciu umožnilo CTSA Grant Number UL1 TR000135 z Národného centra pre pokrokové translačné vedy (NCATS http://www.ncats.nih.gov/), súčasť Národného inštitútu zdravia (NIH http: // www .nih.gov/). Za jej obsah sú výhradne zodpovední autori a nemusia nevyhnutne predstavovať oficiálny pohľad na NIH. Financovatelia nemali žiadnu úlohu pri návrhu štúdie, zbere a analýze údajov, rozhodnutí publikovať alebo pri príprave rukopisu.

Konkurenčné záujmy: Autori vyhlásili, že neexistujú žiadne konkurenčné záujmy.

Skratky: ANOVA, analýza rozptylu ARRIVE, Animal Research: Reporting of In vivo Experiments SD, štandardná odchýlka SE, štandardná chyba


ÚVOD

Náš vzťah k prírode sa v priebehu dejín ľudstva menil. Vplyv, ktorý naň ľudské bytosti vyvíjali, nás nevyhnutne vedie k novému geologickému veku: antropocénu. Toto video to celkom dobre ilustruje.

Zdá sa, že sme zabudli, že zdravá Zem je kľúčová pre získanie zdrojov nevyhnutných pre život: vody, vzduchu, potravín, materiálov… Okrem toho príroda podporuje naše ekonomiky a hrá kľúčovú úlohu v našom zdraví. Chcete vedieť, aké výhody má príroda pre naše zdravie?


Oznamovanie GCB recenzie - Minulosť, súčasnosť a budúcnosť biológie globálnych zmien na dosah ruky

Danielle A. Way, Katedra biológie, University of Western Ontario, Londýn, ON N6A 5B7, Kanada.

Katedra biológie, University of Western Ontario, Londýn, ON, Kanada

Nicholas School of the Environment, Duke University, Durham, NC, USA

Skupina pre vedu a technológiu suchozemských ekosystémov, oddelenie environmentálnych a klimatických vied, Brookhaven National Laboratory, Upton, NY, USA

Danielle A. Way, Katedra biológie, University of Western Ontario, Londýn, ON N6A 5B7, Kanada.

O Biológia globálnej zmenySme hrdí na to, že sme popredným časopisom na publikovanie hĺbkového primárneho výskumu súhry medzi faktormi globálnej zmeny a biologickými systémami. Publikovali sme aj mnoho najcitovanejších prehľadových článkov (napr. tabuľka 1), hoci tieto tvorili len 6 % nášho obsahu počas našej 26-ročnej histórie (obrázok 1). Napriek tomu bolo pozvaných len málo z týchto recenzií, až na niektoré pozoruhodné výnimky (ako napríklad tie, ktoré sú uvedené v našom nedávnom vydaní k 25. výročiu https://onlinelibrary.wiley.com/doi/toc/10.1111/(ISSN)1365-2486.gcb-25yrs ). Naši redaktori si vyžiadali iba 12 z 91 recenzií, ktoré sme publikovali v rokoch 2016 až 2020, mimo Špeciálnych problémov. Široké uznanie toho, ako globálna zmena už ovplyvňuje naše prirodzené a riadené systémy, v kombinácii s rýchlo sa zvyšujúcim počtom článkov publikovaných o biológii globálnej zmeny znamená, že existuje rastúca potreba aktuálnych, bystrých prehľadov, ktoré syntetizujú tam, kde sa oblasť nachádza. aktuálne a kam to smeruje. Inými slovami, teraz máme dostatok údajov na vyhodnotenie účinkov globálnej zmeny na našu planétu, na zhodnotenie našej súčasnej situácie a vyhodnotenie budúceho smerovania poľa.

Názov Odkaz
Čisté účinky viacerých stresorov v sladkovodných ekosystémoch: metaanalýza Jackson a spol. (2016)
Globálne ekologické dopady invazívnych druhov na vodné ekosystémy Gallardo a kol. (2016)
* Globálne tlaky zmien na pôdu v dôsledku využívania pôdy a manažmentu Smith a kol. (2016)
Vplyvy narastajúceho sucha na dynamiku lesa, štruktúru a biodiverzitu v USA Clark a kol. (2016)
Ľudské aktivity a premenlivosť klímy poháňajú rýchlo sa meniace zmeny vo svetových pobrežných ekosystémoch ústí riek Cloern a kol. (2016)
K globálnemu hodnoteniu pyrogénneho uhlíka z vegetačných požiarov Santin a kol. (2016)
Rozsiahla degradácia amazonských sladkovodných ekosystémov Castello a Macedo, (2016)
Vegetačná demografia v modeloch systému Zeme: Prehľad pokroku a priorít Fisher a kol. (2018)
Integrované krajinné prístupy k riadeniu sociálnych a environmentálnych problémov v trópoch: Poučenie sa z minulosti ako sprievodca budúcnosťou Reed a kol. (2016)
Vstup uhlíka koreňmi do pôdy: Kvantifikácia rhizodepozície z koreňa na ekosystém Pausch a Yuzyakov (2018)

S ohľadom na tieto skutočnosti sme sa nedávno pustili do nového programu, v rámci ktorého sme poverili popredných svetových expertov z celého sveta, aby vypracovali pozvané recenzie na témy biológie globálnych zmien. Preto s potešením oznamujeme spustenie Recenzie GCB: hĺbkové kritické hodnotiace dokumenty, ktoré budú pre našich čitateľov zdrojom informácií o problémoch v biológii globálnych zmien. GCB Preskúmanies bude mať až 8 000 slov a bude možné ich čítať zadarmo tri mesiace po ich uverejnení. S potešením vám oznamujeme, že prvé GCB PreskúmanieDi Sacco a kol. o „Desať zlatých pravidlách obnovy lesov“ je uverejnené v tomto vydaní Biológia globálnej zmeny. Ďalšie pripravované GCB Recenzie o témach vrátane riešení klimatických zmien založených na prírode, chovu dobytka a trvalo udržateľných potravinových systémov, tropických lesov v meniacej sa klíme a neistoty v absorpcii uhlíka v ekosystémoch vo veľkých zemepisných šírkach sa objavia v budúcich číslach.

Zatiaľ čo GCB Recenzie budú napísané iba na pozvanie, naša sekcia Recenzie výskumu je vždy otvorená na odoslanie. Vítame tiež podania pre Názory a perspektívy, ktoré umožňujú autorom vyjadriť názory, ktoré môžu byť v rozpore so stanovenými názormi. Názory (od 3 000 do 5 000 slov a zahŕňajúce viacero číslic a tabuliek) by mali poskytnúť hĺbkovú analýzu predmetu, zatiaľ čo perspektívy sú výstižnejšou verziou tohto typu článku (maximálne 1 500 slov a jeden obrázok). Tešíme sa na vaše príspevky k týmto rôznym typom článkov a na predstavenie prvého Recenzie GCB v najbližších mesiacoch.


13.4: Súčasná situácia - biológia

od Elizabeth Willott
Chcete niečo alebo stav vecí. Vo všeobecnosti, aby ste to dosiahli, musíte vyjednávať s inými ľuďmi. Pomôže vám zlepšiť komunikačné schopnosti, tj. Zlepšiť svoje argumentačné schopnosti. Ak chcete získať#145 čo chcete, je jedným z dôvodov hádky. Ďalšími dôvodmi na hádku je zistiť, čomu veríte a čomu veria iní ľudia a prečo.

Poznámka: ‘získanie toho, čo chcete ’, nemusí byť o striktne sebeckých túžbach – možno budete chcieť, aby vám váš manžel/manželka/priateľ/príbuzný lepšie rozumel, alebo aby ste im rozumeli lepšie, vaše deti by mali preskúmať svoje vlastné presvedčenie a vytvoriť si vlastné rozhodnutia atď.

Dobrý argument:
1. Ukazuje, akú pozíciu človek zastáva
2. Umožňuje ostatným prezentovať svoj názor
3. Pomáha argumentujúcim dosiahnuť a porozumieť novým názorom a dôvodom pre tieto názory
4. Nešliape na ľudí

Kľúčovou referenciou pre tieto poznámky je Michael A. Gilbert ’s How to Win an Argument: Surefire strategy to understand your point across, 2. vydanie, 1996, New York, John Wiley, 194 s.

Michael Gilbert píše: „O ľuďoch sa môžete tiež veľa naučiť, keď sa s nimi pohádate. Najprv sa dozviete, čomu v danej záležitosti veria a prečo tomu veria. Za druhé, z toho, ako sa hádajú, sa dozviete aj o ich hodnotách, presvedčení a spôsoboch, akými ich prezentujú. Skončíte nielen pri pohľade na svojich argumentujúcich partnerov a#146 pozíciách, ale aj pri vašich partneroch a#146 celkovom svetonázore. & Quot str. 10 Pokračuje v zdôrazňovaní výhod: & quot; Chcete, aby vaše presvedčenie bolo pravdivé. . Odhalením slabostí, omylov a klamstiev vo svojich argumentoch vlastných a iných ľudí máte oveľa väčšiu šancu držať sa pravých presvedčení a konať podľa nich. Výhodou tohto prístupu je, že úspech pri rozhodovaní o falošných presvedčeniach môže viesť iba k omylu a problémom. & Quot str. 11 Existuje preto niekoľko dôvodov, prečo sa stať lepším argumentátorom.

Existujú dôvody, prečo sa NIE stať lepším hádačom?

Niektorí ľudia používajú argumentačné schopnosti na to, aby ostatných prebili. Nie je to však nevyhnutný dôsledok učenia, aby ste sa stali lepším argumentátorom, je to zneužitie učenia. Nemusíte sa stať nepríjemným.

Michael Gilbert píše: „Na rozdiel od vyzbrojovania ľudí zbraňami alebo bombami, nikto nezomrie na to, ak bude vyzbrojený technikami argumentácie. Namiesto toho sa skutočná komunikácia zvýši prostredníctvom lepšieho povedomia o zložitosti a jemnosti argumentácie.“ s

ČO JE argument? Nezhoda? Obvykle –, ale nie nevyhnutne. Mohol by som sformulovať argument, ktorý by vysvetlil, prečo zastávam určitú pozíciu. Môžete zastávať rovnakú pozíciu a chcieť vedieť viac o tom, prečo ju zastávam. Žiadny nesúhlas: Mohli by sme sa hádať, že o sebe navzájom zistíme viac a viac ako 146.

ČO JE argument? Argument vo filozofii je tvrdenie, ktoré je podložené dôvodmi.

Na začiatku tejto stránky som tvrdil, že by ste mohli byť lepším argumentátorom. Podporil som toto tvrdenie niekoľkými dôvodmi, prečo by ste mali z toho prospech: mohli by ste sa viac dozvedieť o svojich názoroch, názoroch iných ľudí a byť schopní ovplyvňovať ostatných.

Hádať sa je niekedy ťažké. Buď ste vy alebo váš spoluargument príliš pripútaní k pozícii alebo nároku. Potom je ťažké urobiť veľký pokrok. Kreatívny argument zahŕňa otvorenosť skúmať vaše presvedčenie a dôvody, pre ktoré ho zastávate. Práve na to sú tieto poznámky. Napriek tomu, že sa vám nemusí páčiť, keď sa vaše presvedčenie zrazí, môžete zo skúseností ťažiť.

Mojím cieľom je napísať to tak, že niektorí z vás pravdepodobne váhajú s účasťou na hádkach a hovorením v triede. Chcem zasadiť semienko a dať vám dôvody, prečo je vo vašom záujme rozvíjať svoje schopnosti hovoriť a skúmať svoje presvedčenia. Jedným z našich cieľov pre túto triedu je poskytnúť vám fórum, kde si môžete bezpečne otestovať hovorenie a argumentovať, a tým zlepšiť svoje zručnosti. Dôrazne vám odporúčame účasť.

Pozorne počúvajte predložené argumenty a formulujte svoje vlastné. Odložte svoje ego a hľadajte pravdu alebo aspoň objavte rôzne spôsoby, ako sa pozerať na problémy a situácie.

Gilbert sumarizuje: „V kreatívnom argumente sa obe strany viac zaujímajú o nájdenie pravdy alebo vyriešenie problému, než o pravdu. Keď sa kreatívne hádate, zaujímajú vás argumenty vášho partnera a pozorne si ich vypočujete, aby ste zistili, či existujú užitočné informácie alebo postrehy. Počúva vás aj váš partner a vy spoločne pracujete na tom, aby ste našli najlepšie riešenie alebo správnu odpoveď. Kreatívny argument minimalizuje úlohu hádačov a ega a maximalizuje ich odhodlanie skúmať. & Quot str.14 Vo Fil 323 sa snažíme poskytnúť miesto, kde sa môžete tvorivo hádať. Môžete si osvojiť nové zručnosti a naučiť sa lepšie ovládať svoju myseľ a emócie v diskusiách. Toto nie je kurz s názvom „Kritické myslenie“, ale očakávame, že si počas tohto kurzu rozviniete svoje schopnosti kritického myslenia. Na konci kurzu by ste mali byť schopní lepšie rozpoznať slabé argumenty a byť pripravení ponúknuť lepšie dôvody vo svojich vlastných argumentoch. Niektoré z pridelených príspevkov sú zahrnuté z historických dôvodov. Niektorí nie sú tvrdo argumentovaní, niektorí sú hádaní lepšie ako ostatní. Urobíme všetko, čo bude v našich silách, aby sme vás varovali, na ktoré sa máte pozrieť analyticky a na ktoré si ich chcete prečítať pre radosť, záujem alebo nápady.

Niektoré kľúčové rady pre efektívnu argumentáciu:

1. Vedieť, prečo sa hádate: Aký je váš účel? Veríte, že môžete dosiahnuť svoj cieľ? Ak sa hádate s fanatikom, je nereálne veriť, že zmeníte jeho/jej názor, ale možno by ste sa zabavili a mohli by ste mať z toho prospech, pretože v procese hádky môžete preskúmať svoje vlastné tvrdenia a dôvody. Inokedy sa možno hádate, pretože chcete niekoho presvedčiť, aby zmenil názor, a chcete ho presvedčiť, že vaše dôvody podporujú podstatne iný záver, ako je ten, ktorý v súčasnosti zastáva.

2. Vedieť, o čom sa hádate: Aká je téma? Aký je váš nárok? Aký je váš spoluobhajca a nárok#146? Aké dôvody podporujú vaše tvrdenie? tvrdí váš spoluargument?

3. Spoznajte svoje hluché miesta –, ak nemôžete byť nestranní, potom je možno načase na chvíľu opustiť tento argument, ale uvedomte si, že skúmanie tejto témy by ste v budúcnosti mohli ťažiť.

Naučte sa obranné techniky hádania

Gilbert píše.
"Tak ako vás techniky defenzívnej jazdy učia, ako sa chrániť pred nedbalými a nebezpečnými vodičmi, aj tu sa naučíte brániť sa proti zlým argumentom a zložitým manévrom. Mnohým ľuďom ide len o to, aby vyhrali hádku. Chcú zmeniť váš názor a je im jedno, ako to urobia." s. 15. Chcete si udržať kontrolu nad svojou mysľou–Nechcete byť manipulovaní! Naučte sa brániť.

Technika č. 1: Vedzte, kam idete

1. Ak sa nezhoda týka skutočnosti, nehádajte sa#150 Dohodnite sa na tom, čo bude slúžiť ako zdroj na vyriešenie problému. Nájdite zdroj, o ktorom obaja vopred súhlasíte, že bude smerodajný: Aké je hlavné mesto Kanady? Aká bola včera vysoká teplota zaznamenaná na letisku v Tucsone? Tieto nie sú hodné „citátu“.

2. Ak sa zdravo hádate, väčšina vašich argumentov sa bude týkať názorov a zložitých otázok –Aké je najlepšie auto na kúpu? Kontext je dôležitý. Ak máte 5 detí a kempujete, odpoveď bude pravdepodobne odlišná, ako keby ste mali 85 rokov a potrebovali by ste to na cestu autom do kostola, na nákupy a k lekárovi. Ako spoľahlivé to musí byť? Je kilometrový výkon plynu dôležitý? Je dôležité zapôsobiť na iných ľudí? V týchto prípadoch bude časť určenia ‘best’ závisieť od vypracovania všetkých faktorov, ktoré je potrebné pri rozhodovaní zvážiť. Ak argumentujete, aby ste dosiahli nejaký záver, budete musieť preskúmať mnoho rôznych aspektov situácie. Väčšina tém, ktorým sa venujeme v oblasti environmentálnej etiky, vyhovuje tejto kategórii a#150 problémov je mnohostranných.

Technika #2: Zistite, čo je súčasťou produktívnej hádky

Existuje nárok alebo záver. Na horské dráhy by nemali byť povolené osoby mladšie ako 3 stopy.

Existujú dôvody. Bezpečnostné tyče na horskej dráhe sú navrhnuté tak, aby držali ľudí určitej veľkosti, ktorí sú príliš malí, nie sú bezpečne obmedzovaní tyčami.

& quot; Dôvody zodpovedajú otázku ‘Prečo akceptovať toto tvrdenie? ’ & quot; (Gilbert, s. 31)

KĽÚČOVÝ BOD: Len zopakovanie tvrdenia neznamená argumentovať. Kľúčom je poskytnúť dôvody. Ako hlboko musia ísť dôvody? To „závisí“. Ľudia sa môžu pýtať na dôvody vašich dôvodov a#150 vás požiadajú, aby ste svoje dôvody obhájili. "Aj keď to môže pokračovať donekonečna, väčšina argumentov je samoobmedzujúcich. Niekedy sa dosiahne bod spoločného poznania alebo dohody, zatiaľ čo inokedy môžete dospieť k bodu zásadnej nezhody. Oddelenie dôvodov a tvrdení, ich dôkladné preskúmanie, vám pomôže zistiť, aké sú zásadné rozdiely medzi vami a vaším protivníkom. Vedomosti o zásadných rozdieloch sú cenné, keď sú známe, je možné posúdiť šance na dosiahnutie určitého konsenzu. Aký zásadný je rozdiel? Je to nezmieriteľný rozdiel? Toto sú dôležité otázky." s. 32-33 Technika č. 3: Predpokladajme, že ľudia majú dôvody pre svoje presvedčenie: Nehádajte sa s ľuďmi, ktorí nie, a obmedzte svoje hádky, keď ľudia nemajú " dobré"
1. Ak je vašim cieľom dozvedieť sa viac o pozícii a presvedčení, nemá zmysel sa hádať s niekým, kto nemá slušné dôvody. Z toho vyplýva:

NEDARUJTE SA A#146T ARGUE FANATIKOU! (No, pokiaľ vám to nepríde zábavné.)

Gilbert píše: „Fanatici sa môžu tak ľahko hnevať a vzrušovať, že túžba polemizovať s nimi je často zdrvujúca. & Quot. S. 36.

POZNÁMKA: Fanatici často poznajú základné argumenty pre obe strany, ale len zriedka sú hlboko mysliteľmi, takže zistíte, že ich úvahy veľmi skoro zapadnú do argumentov „zvláštne“. Väčšina fanatikov má tendenciu spoliehať sa na špeciálne prosby a nárokovať si znalosti, ktoré sú k dispozícii iba im. Každý, kto nesúhlasí, verí, že fanatik je nejakým spôsobom slepý.

2. Ak je dôležité hádať sa s fanatikom (povedzme priateľom, ktorý sa chystá vstúpiť do kultu), jedným z prístupov je položiť si otázku: „Čo by bolo potrebné na to, aby ste dokázali, že sa mýlite?“

3. Nebuďte otravní alebo dotieraví a#150 ľudí dosiahne bod uvedenia dôvodov z dôvodov, ktoré nemôže prekonať. Len preto, že vás nedokážu presvedčiť, neznamená, že nemajú slušné dôvody pre svoje presvedčenie! Ak ste nepríjemný skeptik alebo ste príliš odvážny, poškodzujete svoju povesť ako partnera, ktorý rešpektuje ostatných. Rešpekt je kľúčom. Nechajte hádku, ak sa k druhej osobe nesprávate s rešpektom alebo ak sa k vám nespráva s rešpektom.

Technika #4: Očakávajte konzistentnosť a všimnite si nekonzistentnosť

Zaobchádzajte s podobnými prípadmi podobne. Ak chcete zaobchádzať s dvoma situáciami odlišne, mali by ste mať dôvod, prečo sa k nim správate inak. Ako sa tieto dve situácie relevantne líšia?

Technika č. 5: Naučte sa princípy pozícií

Povedzme, že je niekto proti strieľaniu slonov. Mohli by veriť, že strieľanie slonov je nesprávne, pretože veria, že slony sú ohrozené a že tento druh je v ohrození. Princíp môže byť taký, že by sme mali zachraňovať ohrozené druhy. Alebo môžu veriť, že strieľanie slonov je nesprávne, pretože veria, že slony sú vysoko inteligentné a morálne bytosti, ktoré si zaslúžia náš rešpekt, a že ich zabitie je vražda. Alebo môžu veriť, že lov je zlý, pretože robí skôr lovca ako loveného. Budete chcieť zistiť, aké zásady dodržiava váš spoluargument, aby ste porozumeli tomu, čo hovorí, a zapojili sa do výnosnej hádky. Ak nepoznáte zásady, nebudete tomu rozumieť.

Aj keď to môže vášho spoluargumentára šokovať, aj tak to urobte.

Ak dokážete zopakovať, čo povedali, a ukázať, že ste naozaj počúvali, je pravdepodobnejšie, že vás spoluargument bude počúvať!

Ak vás sledujú bokom a#150 priznajte to! Zistite, kde ste sa stratili. Hovorili ste x, y, z a potom mi niečo muselo uniknúť, pretože ste potom povedali ‘a’ a ja neviem, ako to sedí. Ak druhej osobe uniká vaša pointa, povedzte niečo ako: „Myslím, že vám unikol môj bod.“ Povedal som, že m a n – ako sa vysporiadate s mojou pointou ‘n ’?

Technika č. 7: Rešpektujte intuície (ale rozpoznajte ich obmedzenia):

Často začíname s intuíciou, ale chceme zistiť, prečo máme takú intuíciu, akú máme. Argument nám to môže pomôcť odhaliť. Na inú osobu vaše intuície pravdepodobne veľmi nezapôsobia a musíte uviesť argumenty podporujúce vaše intuitívne závery.

Počúvajte, hádajte sa, počúvajte, hádajte sa a dýchajte často a zhlboka. Nepotite názvy omylov a všetky tieto veci. Len počúvať, argumentovať, počúvať, argumentovať. Je hádka pravdivá? Zamerajte sa na tvrdenia a dôvody a dýchajte. Hádka nemusí byť stresujúca. Ak sa chcem z tohto kurzu niečo dozvedieť, bolo by to tak.

Technika č. 9: Zvážte, že tá druhá osoba môže mať pravdu!

Možno to nie je úplne správne, ale môže mať niekoľko dobrých nápadov, ktoré by vám prospeli, keby ste ich počuli.

Napríklad: (Toto je sústo negatív-Na to môžete prísť, ak to budete pomaly oddeľovať.) Len preto, že niekto v spoločnosti Nike hovorí, že spoločnosť Nike nemôže urobiť veľa o výrobcovi Kuk Dongovi, neznamená, že je nepravdivé, že Nike toho veľa nezmôže. Možno, že Nike MÔŽE ’T urobiť veľa. Len preto, že vyhlásenie pochádza od Nike alebo katolíka, žida, environmentalistu, priemyselníka, feministky alebo mŕtveho bieleho muža. neznamená, že bude automaticky prijateľný alebo odmietnutý. Pozrite sa na obsah.

OBRÁZNE ROZHODOVANIE: SPOLOČNÉ PROBLÉMY, NA KTORÉ JE TREBA SLEDOVAŤ

"Samozrejme, že vieme, že Boh existuje. Priamo v Biblii sa píše, že Boh existuje a Biblia musí byť pravdivá, pretože je to Slovo Božie." s.64

Prijmete iba dôvod: hovorí sa v. ak už akceptujete tvrdenie: Že Boh existuje.

Dôvod je prijateľný iba vtedy, ak je záver pravdivý, takže nepodporuje naše dospenie k záveru.

Dôvody je potrebné podporiť. Na legitimitu sa nemôžu spoliehať na nároky.

Manipulácia zastrašovaním:

Ak niekto povie „nezmysel“, opýtajte sa: Prečo si myslíte, že je to nezmysel? – Považujte odmietavé vyhlásenia za nároky –, čo je dôvodom nároku.

"Ak váš odporca povie ‘Každý vie. ’ – a vy neviete –, potom sa váš odporca mýli. & Quot.85 Gilbert, 1996

"Nikdy nedovoľte, aby vás strach z toho, že budete vyzerať hlúpo, prinútil zle sa hádať." (Gilbert, 1996)

Buďte pripravení povedať: Nesledujem, prosím, vysvetlite mi to znova iným spôsobom a predídete mnohým pokusom o manipuláciu.

Odvolanie na silu:
Niektoré apely na silu sú legitímne, ale iba ak sú podložené niečím podstatným.
„Hrozba nie je nikdy dobrým dôvodom niečomu veriť, ale môže to byť aj dobrý dôvod niečo urobiť.“
Dajte lupičovi svoje peniaze, keď povie: Vaše peniaze alebo váš život.
Ak sa však hádate, predstavy vášho protivníka nie sú niečím, čo je pre vás priamym nebezpečenstvom. Podobne, ak váš súper apeluje na váš strach z neznámeho, cudzincov alebo poškodenia či nebezpečenstva, musíte byť opatrní, aby ste udržali svoje emócie na uzde a žiadali dôkazy a inú podporu.

Meno Volanie: & quot; Plazivý socializmus & quot; & quot; Prudký feminizmus & quot; & & quot; Veci stromu hugger & quot

Ignorujte pomenovanie a uveďte alebo sa opýtajte na dôvody. Michael Gilbert ako odpoveď navrhuje niečo ako nasledovné: „Pozri, Didi, nazvi to, ako chceš. Nezáleží mi na tom, či je to socializmus, fašizmus alebo súfizmus, myslím si, že je to dôležité, pretože. & quot

Pozor: Nebojujte o nálepky a nebojujte o realitu. „Ľudia a ich pozadie môžu vysvetľovať, prečo sa hádajú, ale nebude to dôvodom na jeho odmietnutie.“ „S. 104, Gilbert, 1996“ „Vyvolávanie, rozmazávanie a odmietanie argumentov kvôli svojmu zdroju sú všetky spôsoby, ako sa vyhnúť skutočnému problém. Tieto taktiky sú bežné u tých, ktorí nechcú počúvať ani zvažovať. Pozor: Ak sa zdvihne charakter, motívy alebo pozadie osoby, požadujte, aby ste vedeli, prečo je to relevantné pre argument." s. 106, Gilbert, 1996 Subject Changeing: Ľudia to robia, aby sa vyhli odpovediam na vaše otázky – obzvlášť vo verejných nastaveniach. Udržujte svoju pozornosť. Vráťte tému späť. Ak ste zmätení, nepredpokladajte, že to budete žiadať o objasnenie. Gilbert o tom veľa hovorí a hovorí to dobre: ​​„Ak sa nechcete nechať chytiť zmenou témy, vedzte, o čom je argument, počúvajte veľmi pozorne a buďte si istí svojou vlastnou pozíciou. Koniec koncov, ak ste zmätení alebo nemáte jasno vo svojom vlastnom postoji, len ťažko môžete obviniť oponenta zo zmeny témy.“ s. 76 Gilbert, 1996

& quot; Najlepším spôsobom, ako bojovať proti konkrétnemu omylu, je vedieť, čo robíte. Ak máte jasnú predstavu o tom, čo by sa malo diať, budete to vedieť v okamihu, keď váš protivník opustí trať. & Quot.76 Gilbert, 1996

„Všetko trvá chvíľu a#146 s nepozornosti, keď zmeškáte vypínač. Keď sa to stane, stane sa niečo nešťastné: máte pocit zmätku a predpokladáte, že ste to vy, a nie váš protivník." Gilbert, 1996

& quot; Väčšina argumentujúcich nemá dôveru predpokladať, že sa druhá osoba zmýlila alebo sa dopustila omylu, keď je oveľa jednoduchšie obviňovať seba: ‘Tam idem znova, príliš hlúpy na to, aby som vedel, čo sa deje,#hrubé nasledovať argument. No, je dosť bystrý, takže predpokladám, že vie, o čom hovorí. Ako peklo! Všetko, čo s týmto postojom urobíte, je trestný čin. Najprv zabudnete počúvať, potom, keď sa vrátite a ste zmätení, predpokladáte, že ste na vine vy, nie váš odporca. & Quot.78 Gilbert, 1996

"Ak zmätok nie je spôsobený chybou, potom dlžíte svojmu respondentovi, aby sa pokúsil nasledovať jeho argument. Ak je zmätok spôsobený premysleným manévrom, musíte sa zastaviť a opýtať sa. V každom prípade, bez ohľadu na to, či je zmätok vašou chybou alebo odporcom, mali by ste hľadať príčinu. & Quot.78 Gilbert, 1996

& quot; Kľúčom k prekonaniu zmeny predmetu je v prvom rade vedieť, že sa to stalo. Ak sa vlákno hádky stratí, zastavte sa a zistite, čo sa deje. Je pravdepodobné, že to s vami nemá nič spoločné.“ s. 81 Gilbert, 1996 Argument from Popularity

1. Každý kradne kancelárske perá.
2. Každý podpláca colníkov.
3. Každý fajčí marihuanu.

Tieto jednoducho nefungujú. Medzi dôvodom a racionalizáciou je veľký rozdiel, aj keď rozlíšenie rozdielu môže byť náročné!

Jednanie s odborníkmi a odbornosť

Vie filmová hviezda nevyhnutne, ktorý politik je najlepší? Na druhej strane, pretože je niekto filmová hviezda, neznamená to, že nevie nič o politikoch a možno filmová hviezda skutočne má dobré informácie alebo argumenty, ktoré by ste mohli vypočuť. Dávajte si preto pozor na nevhodné odvolanie sa na úrady alebo nevhodné odmietnutie dôvodov.

Môžete napadnúť: Prepáčte, ale nechápem, čo má schválenie Springsteenovho zákona o farme spoločné s dobrotou alebo zlosťou zákona o farme. Aké sú výhody a nevýhody faktúry?

Niekedy musíte rešpektovať odbornosť a potom ju rešpektovať a neklaňať sa jej. Aj keď je odborník vhodný (povedzme lekár a máte horúčku), odborníci nepoznajú konkrétne súvislosti, ktorým čelíte (ak sa vás lekár neopýta, či ste cestovali do Afriky, neočakávajte ho alebo ihneď zistí, že trpíte maláriou).

„Nikdy nesúhlaste s odborníkom, pokiaľ skutočne neviete, o čom hovorí, a#150 bez ohľadu na to, ako hlúpo sa cítite.“ & 96, Gilbert, 1996

• Požiadajte o vysvetlenie –Skutočný odborník by mal byť schopný vysvetliť
• Vytrvajte!

Niekedy váš spoluargumentár skreslí vašu pozíciu alebo nakreslí pozíciu, ktorú v skutočnosti nikto nezastáva, ale je to pozícia, na ktorú môže spoluargument zaútočiť. (Tento typ argumentátora sa neoplatí tráviť veľa času.) Uistite sa, že sa pýtate: je toto realistická pozícia?

Gilbert varuje: „Vždy buďte podozrievaví voči pozíciám, na ktoré je príliš ľahké zaútočiť: S najväčšou pravdepodobnosťou boli skreslené.“ S. 110, Gilbert, 1996

"Skreslenie vašej vlastnej pozície sa dá zastaviť prerušením takto: ‘To je veľmi zaujímavý pohľad. S mojím postavením to však nemá nič spoločné. Dovoľte mi to znova vysvetliť.’" s. 111, Gilbert, 1996. Súhlasím s jeho návrhom, ale chcel by som zdôrazniť, že ak nemáte celý deň, možno budete musieť prerušiť!

  • Stále lepšie víno (Tento príbeh je o víne, ktoré sa zlepšuje každým dňom – Problém: Ak ste pijan vína, kedy je optimálne piť víno?)
  • Vývoj plodu u dieťaťa, u dospelého
  • Výška dieťaťa a bezpečnosť na horskej dráhe
  • Vekový limit a splatnosť vodičského preukazu#146 s

„Vždy si sledujte, aké predpoklady ste poskytli kvôli argumentácii –, možno ich budete chcieť vziať späť.“ Gilbert, 1996.

Aj keď ich "vziať späť", možno budete chcieť zahrnúť kontext: Schopnosť plodu prežiť mimo maternice (jeho životaschopnosť) môže byť v niektorých kontextoch významná, schopnosť plodu cítiť bolesť môže byť významný v inom.

Pochybné dôkazy falošné spôsobujú unáhlené zovšeobecnenie

& quot; Vyhlásenie potrebuje viac ako dôvody pre prijatie –it potrebuje dobré dôvodov." s.119

Môžu byť dôvody obsahujúce empirické tvrdenia podložené?

Sú ‘evidence ’ vo forme korelácie? Potom buďte opatrní. Podporuje, ale nedokazuje to. Korelácia medzi DDT a riedením vaječných škrupín. Ale pravdepodobne bolo mnoho ďalších kontaminantov vyššie, ak bol DDT vyšší a tieto ďalšie zlúčeniny neboli typicky monitorované v štúdiách spájajúcich DDT so zriedením vaječných škrupín.

To, že je vyhlásenie zovšeobecnením, nie je dôvodom na jeho automatické odmietnutie. Musíte sa opýtať: Platí zovšeobecnenie pre tento konkrétny kontext? Existujú dôvody na jeho prijatie alebo odmietnutie?

nad-zovšeobecnenia – možno často zrušiť jediným protiprikladom. ‘Never ’, ‘vždy ’, ‘all ’ a ‘none ’ často signalizujú prílišné zovšeobecnenie, keď vhodnejším výrazom skutočne môže byť ‘ zriedka ’, ‘ typicky ’, &# 145 najviac’, ‘málo’.

Gilbert varuje: „Nikdy nerobte všeobecné tvrdenia silnejšie, ako potrebujete, pretože#150 môže vás prinútiť stiahnuť sa.“ Str. 129 Blud falošnej dilemy. Vyberte si z dvoch alternatív. Ale často existujú viac ako dve alternatívy. Nenechajte niekoho nespravodlivo zúžiť situáciu na dvoch. Utláčateľ/utláčaný Bohatý/chudobný. Keď sa výber zdá extrémny, preskúmajte stred. Váš spoluargument môže vytvárať obraz iba o dvoch alternatívach, aby mohol nájsť problémy s jednou, a tým uzavrieť druhú. To NIE JE vhodné, ak v skutočnosti existujú viac ako dve alternatívy.

*Fisher & Ury: Dostávame sa k Áno. 2d vyd. Penguin, 1991.
*Huff, Darrel. Ako klamať so štatistikou. Norton, 1959.

Existuje mnoho ďalších kníh o kritickom myslení. Not all of them are "gentle" since the same awareness that you need to overcome attacks on you can be used in the other direction to attack others who lack the awareness. It is my sincere hope that you will use what you have learned from this article in a way that achieves good.
Phil 323 Hot Stuff


DISKUSIA

The purpose of this study was to examine the impact of cooperative learning strategies on student achievement and attitudes in a very large introductory biology class. In particular, we wanted to determine if activities designed such that a single instructor could administer them would help students learn the course material better than a traditional lecture format.

We found that, although overall test scores did not differ significantly between the treatment and control groups, students in the cooperative learning sections showed greater improvement from the beginning to the end of the semester than students taught using a traditional lecture approach. This finding suggests that cooperative learning activities can improve student outcomes even in very large classes. However, the difference in improvement observed was fairly small (a 3.2% difference in the improvement), indicating that the impact of cooperative learning was relatively weak though statistically significant. In addition, instructor and treatment interacted strongly for three of the five performance measures examined, suggesting that these results provide preliminary evidence only until the study is replicated with a larger cohort of instructors.

A factor that may have influenced the outcome of this study is the manner in which content learning was measured. Cooperative learning activities are proposed to encourage a deeper understanding of course material and promote higher-level thinking skills (Cooper, 1995 Anderson a kol., 2005 Cortright a kol., 2005). As is common in many large science classes, personnel limitations demanded that the classes examined in this study use multiple-choice exams as a primary means of evaluating students' understanding of course content. However, Darling-Hammond a kol. (1995) have argued that multiple-choice exams are not an effective tool for evaluating higher-order thinking skills, and it is possible that greater differences existed among students in our study than could be detected by our assessment method. Indeed, the effect of PBL, as well as other instructional approaches thought to promote higher levels of cognition, has been found to depend on the type of assessment used (Boyles a kol., 1994 Hand a kol., 2002 Gijbels a kol., 2005). Future experiments that examine cooperative learning should address this issue by incorporating questions that more effectively measure higher-order thinking skills into the assessments used.

When asked to comment on instruction of the cooperative learning sections, students viewed the methods used very positively. Most felt that this approach helped them to understand the material better as well as made the course more interesting, personal, and enjoyable. The students also appeared to sense a greater level of support for their learning through interactions with their peers. Very few students felt that group work was unhelpful This finding is noteworthy because student attitude is considered to be an important component of overall engagement (National Research Council, 2004). Students who find a course more interesting and enjoyable and who feel they are supported are more likely to invest more effort into the course, potentially leading to improved learning outcomes (Marks, 2000 Handelsman a kol., 2005 Robbins a kol., 2006). This study suggests that, even in very large classes and with minimal personnel, it is possible to implement cooperative learning activities and that students find groups enjoyable and useful. However, additional studies are necessary in order to determine if these activities improve student engagement relative to a traditional lecture format.

Cooperative learning activities potentially have a reliable and robust impact on achievement in large classes. How might this be accomplished? Slavin (1996) argued that cooperative activities are most likely to promote learning gains when students are rewarded for their participation and when group performance is measured as the sum of each member's individual performance rather than through a single group product. When a single product is submitted by the entire group, there is little incentive for the group to ensure that each member fully understands the concepts involved, and it is possible for a single individual to contribute most of the work/knowledge necessary for everyone to obtain a good grade. This type of behavior is especially likely with high-stakes assessments (James, 2006), and evidence that it may have occurred in this study can be seen in the student surveys. As one student commented, “I feel those people that knew the answers consistently knew them for each test and just told the rest of the group what those were instead of more of a collaborative group effort.”

The group activities we used may have had a more significant impact if rewards for cooperative work were based on the average of each member's individual performance rather than on a consensus answer. This would have provided a greater incentive for group members to explain the concepts to one another and help each member perform to his or her maximum ability. One potential problem with this approach, however, is that it may also lead to greater dissatisfaction among some students because their personal grades would become partially dependent on the performance of others.

Another way in which the cooperative learning approach used in this study might be improved is to provide students with training in effective group interactions and learning strategies. The debate of ideas within groups, referred to as argument, ideally promotes learning by helping students become more aware of their own level of understanding (metacognition) and by forcing them to reconsider their ideas in response to alternative and potentially conflicting views (social constructivism). College students frequently display relatively weak metacognitive and argument skills (Kuhn, 1993 Pintrich, 2002), thus these strategies need to be explicitly taught in order for students to use them effectively (Penrose, 1992 Moore, 1993 Mason, 1996 Zohar and Nemet, 2002 Kuhn and Udell, 2003 Osborne a kol., 2004). It is possible that instructing students on the use of argument and on how and when to use metacognitive strategies would make cooperative learning more effective at promoting learning. In support of this possibility, studies have found that students receiving metacognitive training outperformed students who did not (Meloth and Deering, 1992 Mevarech, 1999 Kramarski a kol., 2001 Zohar and Nemet, 2002). Indeed, cooperative groups that did not receive such training performed similarly to students who studied individually (Kramarski and Mevarech, 2003).


Závery

In this work we introduced RedeR, a software designed for the representation of nested and hierarchical biological networks. The ability to perform advanced visualization tightly integrated to R allows RedeR to take full advantage of R packages for network analysis and statistical computing. Likewise, RedeR is an ongoing project that provides a comprehensive and entirely new framework to read, write and manipulate R code mixed to a Java data structure. Its architecture allows the creation of R-based plugins with minimum effort, potentially extending the existing R packages to different communities of users interested in studying biological networks.

Rather than analyzing a single network, current research focuses on differences in networks, re-wiring events, as well as higher-level, modular characteristics of networks. These can be hard to visualize in standard tools. RedeR implements a framework for network comparison and module representation by introducing a hierarchy of 'containers' in which many networks and their connections can be visualized at the same time. We anticipate that our software will be particularly useful to assess datasets that demand detailed analysis of inter- and intra-modular associations.


Common Ethical Issues for Salespeople

What are the most common ethical issues facing salespeople? Many of the most common situations you could face as a salesperson involve issues such as the following:

  • A customer asking for information about one of their competitors, who happens to be one of your customers
  • Deciding how much to spend on holiday season gifts for your customers
  • A buyer asking for something special, which you could easily provide, but aren’t supposed to give away
  • Deciding to play golf on a nice day, since no one knows if you are actually at work or not

Let’s examine each of the issues. In the first issue, a customer owns the information about their business. The salesperson may hold that information, such as how many cases of the product they purchase or who their customers are, but that salesperson does not have the right to share that information with the customer’s competitor. In many instances, a buyer may ask the seller to sign a nondisclosure agreement because, in order to serve the buyer, the seller will gain access to important private information about that buyer. But even if there is no nondisclosure agreement, courts are likely to agree with the buyer that the seller has an obligation to protect the buyer’s information.

In the second issue, the concern is whether the gift is so extravagant that it is considered a bribe. In some companies, such as IBM and Walmart, buyers are not allowed to accept so much as a free cup of coffee from a seller. These companies do not allow their buyers to receive promotional items such as a pen or coffee cup with the seller’s logo on it because they want every vendor to have free access to sales opportunities and earn the business on their merits, not their freebies. Many buyers would question the motives of a salesperson giving too large a gift. Most salespeople agree that lavish entertainment and gifts are becoming less important in business because decision makers know these add to the costs of doing business and they’d rather get a better price than be entertained.

Lavish gifts like this watch may be nice, but many buyers will consider it too lavish and wonder about the salesperson’s motives.

Robynlou Kavanagh – Expensive Time – CC BY 2.0.

The third issue is tough for salespeople because there are two factors involved: a possible violation of company policy and providing an unfair advantage to one customer. Customers may not know that their special request could get the salesperson in trouble and the request may be reasonable, just against company policy. In that instance, the salesperson should not follow through on the request, though it might make sense to see if the policy can be changed. The second factor, though, is a bit more difficult because the request can be unfair to other customers, and may cause legal problems. As long as the special request can be provided to anyone who asks for it, no law is broken. What if the special request is for a discount? Pricing discrimination laws could come into play if such a discount is not made available to all who ask. What if the request isn’t illegal, but other customers find out and get upset that they weren’t offered the same benefit? Then the salesperson may get a reputation for being untrustworthy.

In the final issue, the question is whether the salesperson is cheating the company out of time and effort. Some argue that a salesperson who is paid straight commission (paid by the sale) is not stealing anything from the company, but others argue that even in that instance, the company is being deprived of possible sales that would be gained if the salesperson was working.

Even though it is a beautiful day for golf, a salesperson who takes time away from the job is stealing time from the company, and losing sales opportunities as well. Taking a customer to play may be a different story such a game may be a time to strengthen a relationship, as long as the customer does not feel manipulated or obligated.

Companygolflessons – golf swing 2 – CC BY 2.0.

These are not the only issues that salespeople face. In the United States, two basic principles of business are that everyone should have an equal opportunity to earn business, and the customer remains free to make a choice. Manipulation, a form of unethical sales behavior, unfairly reduces or eliminates a buyer’s ability or opportunity to make a choice. Persuasion, on the other hand, may influence a buyer’s decision, but the decision remains the buyer’s. Manipulation can include misrepresentation, or claiming a product does something it doesn’t, but it can also include withholding important information, using hard-sell tactics, and other unfair sales tactics.

However, as mentioned earlier, salespeople tend to be ethical people. The use of manipulative sales tactics is actually pretty rare.


Antigenic structure and related aspects of the biology of plasmodia: the present situation *

Major progress has been made in the production of monoclonal antibodies against various Plasmodium species and developmental stages. Some of the monoclonal antibodies, especially those directed against sporozoites, have proved to be protective in rodent and simian systems. Antigenic analysis has been advanced by the application of these monoclonal antibodies, and recent studies have concentrated on membrane-bound antigens.

While promising leads have emerged from the in vitro production of viable gametocytes of Plasmodium falciparum and from the in vitro cultivation of exoerythrocytic forms of rodent plasmodia, little progress has been made in the scaling up of in vitro cultures of asexual forms of P. falciparum. Techniques for the separation, isolation, and purification of parasite material have been improved.

Areas that require urgent attention are identified, with particular emphasis on antigenic analysis and the production of antigens for vaccine development and immunodiagnosis.


Materiály a metódy

Flies and samples

We obtained flies from the Drosophila stock center (Bloomington, IN, USA). We crossed DrosDel males to virgin w 1118 females to remove balancer chromosomes. We determined that the line initially labeled Df(2L)ED748 had the breakpoints reported for Df(2L)ED478, and changed the labeling in this report accordingly. This line also carried an additional 2L deletion (Figure 1). Flies were grown under constant temperature and humidity (25°C 60% relative humidity) on San Diego Stock Center cornmeal media [49]. We pooled 50 to 60 sexed adults (5 days post-eclosion) for RNA extraction for each of 3 to 4 replicate preparations. Total RNA was extracted using TRIzol® (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) and poly A+ mRNA was enriched using Oligotex (Qiagen, Valencia, CA, USA) following the manufacturer's instructions. mRNA quality was scored by the presence of tight rRNA bands in Bioanalyzer profiles (Agilent, Santa Clara, CA, USA). We extracted DNA using the LiCl method [50] and quantified on a Nanodrop (Thermo Fisher, Wilmington, DE, USA).

Arrays and sequencing

All array and sequence data are available from the Gene Expression Omnibus (GEO) [51]. See GEO GPL8593 for array platform details and GEO GSE31407 for complete methods and supplemental information. We used a 12-plex 60-mer probe microarray, 080523_D_melanogaster_5.5_expr (Roche Nimblegen, Madison, WI, USA), and performed experiments in at least biological triplicates as described [10] in a chamber with air passed through NoZone ozone scrubbers (SciGene, Sunnyvale, CA, USA). All array data were in log2 mierka. We normalized all microarray data triplicates with rank correlation ≥0.8 using Robust Multi-Chip Averaging [52] to produce a gene level metric of expression. Two sample hybridizations failed to meet this threshold and were not further considered. We then set the threshold of detected expression at 2 SD above mean hybridization intensity to control probes. We demanded that a given gene show within-sex expression above this threshold in all tested lines. We used two types of references in the manuscript. When testing for a global effect of aneuploidy, we used median expression of the w 1118 line as a denominator. When we were testing for the effect of particular deficiencies, expression ratios were comparisons to a composite reference built from the median expression values from all experiments. Expression differences were called by false discovery rate-corrected (P < 0.05) moderated t-tests [53, 54].

For RNA-Seq, 100 to 200 ng of poly-A+ mRNA from samples along with external spike-in control libraries were prepared for sequencing on a GAII (Illumina, San Diego, CA, USA) or SOLiD 4 (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). We used 8 [55] external control RNAs for Illumina RNA-Seq and 96 [31] ERCC external control RNAs for SOLiD RNA-Seq. For the ERCC controls mix 1:mix 2 ratios contain three subsets of 32 RNAs at 1:1, 1.5:1, and 1:1.5, with a dynamic concentration range of 2 20 . Mix 1 was added to wild-type mRNA and mix 2 was added to Df/+ mRNAs. For Illumina runs, we used 36 bp reads that passed default parameters, Chastity ≥0.6 (Illumina). For SOLiD runs, we used only the forward read and trimmed these reads from 50 to 36 bp based on analysis of read quality and to make data comparable to Illumina data. For DNA-Seq, 5 μg of DNA was prepared as described [10] and sequenced on a GAII or HiSeq 2000 (Illumina) as outlined for RNA-Seq.

We used the dm3 Drosophila melanogaster sequence build [56] from the UCSC Genome Browser [57] as a reference (excluding Uextra) for alignment using Bowtie v.0.12.7 settings -v 2 -m 1 [58] and FlyBase r5.29 for annotations [59]. We quantified expression using HTSeq union mode [60], and used the unique mapping reads to calculate reads per kb per million mapped (RPKM) as the normalized metric of gene expression. We identified the novel Df breakpoint with rSW-Seq [61] and determined fold-difference for aneuploid segments with samtools [62], which we expressed as reads per million (RPM). All but the smallest 5 kb deletion was detected using this method. We did not attempt to measure single nucleotide polymorphisms. We visualized expression data with Bioconductor tools [63] or MatLab (Mathworks, Natick, MA, USA), and DNA-Seq coverage with Bedtools [64] and the UCSC Browser.

Network analysis

We used a two-step procedure to classify the expression of one-dose genes into five groups: anti-compensated, non-compensated, fully compensated, partially compensated, and over-compensated. First, using a moderated t-test, we tested the null hypothesis that the expression of one-copy genes was reduced by half compared to the DrosDel reference values for each gene. We rejected the null hypothesis for all genes with P < 0.05 (limma package from Bioconductor [63] with false discovery rate by Benjamini-Hochberg correction [54]). The genes for which the null hypothesis was not rejected were classified as non-compensated. We classified genes for which the null hypothesis was rejected and expression was lower than the expected two-fold reduction as anti-compensated. Next, the genes for which the null hypothesis was rejected and the expression was higher than the expected two-fold reduction (199 genes in females and 242 gene in males) were stratified into compensation levels - fully compensated, partially compensated and over-compensated - using cutoff values defined as follows. To set appropriate cutoff values, we first estimated the distribution of log fold change in this group by sampling 1,000 times with repetition, and subsequently computed normal distribution based cutoff for the quintiles 2.5% and 97.5%. These cutoffs where then adjusted by subtracting the sampled population mean, thus centering the confidence interval at 'no change' relative to the reference. Finally, the genes with mean log-fold expression change between the cutoffs were classified as fully compensated, the ones above the upper cutoff as over-compensated and ones below the lower cutoff as partially compensated.

We used our gene expression data (subtracted mean expression for each gene across lines and replicates/SD) as a variable and estimated mutual information (MI) for all possible pairs of genes by a kernel method [65] to construct the sex-specific models (kernel width = 0.3 edges with MI P < 0,005). Unlike simple correlation, MI tests non-linear relationships and does not require that the distribution of variables is normal. In addition, MI networks have been shown to perform well on simulated data and to be more resilient to estimation errors [66]. We used other networks as described by the creators [36, 37]. Twenty-three protein complexes enriched for ontology terms (P < 0.005) and having ten or more members were selected directly from the DPiM network without further processing [36, 37], and we used the hypergeometric test for significance of expression change.

We visualized networks in Cytoscape v.2.8 and used the Network Analysis and Random Network plug-ins to fit power-law models, generate randomized networks and generate descriptive statistics for the female and male networks [67, 68]. We used the one-versus-everyone approach [69] to identify significantly changed 1st degree neighbor expression change, and we calculated the global probability of changed expression from all nodes in each network and compared to observed by Chi-square test. Probabilities are indicated in the main text. We performed network statistics and analysis in MatLab (Mathworks).


Pozri si video: АЛИШЕР КОДИРОВ СЕН КИМСАН ЎЗИ СОЛИХОН ДОМЛА. Alisher qodirov sen kimsan solihon domla (November 2022).