Informácie

Ako hľadať proteínovú sekvenciu konkrétnych taxónov v NCBI?

Ako hľadať proteínovú sekvenciu konkrétnych taxónov v NCBI?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Môj príklad: Sekvencia HBB (Hemoglobín Beta) v rybách.

Ako môžem urobiť dobré vyhľadávanie na získanie vyššie uvedených sekvencií v NCBI? (Viem, že ich môžem stiahnuť do súboru FASTA)


Skúste prejsť na stránku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein a vyhľadať výraz „ (hemoglobín beta[Názov proteínu] OR (hemoglobín[Všetky polia] AND beta[Všetky polia])) A „Ryby“[ORGN ]'.

Filtre vyhľadávania je možné zmeniť pomocou panela naľavo od výsledkov vyhľadávania.


Riešenie problémov s odoslaním GenBank: Anotácia kódovacej oblasti (CDS)

Jedným z najčastejších problémov pri odosielaní údajov o sekvencii DNA alebo RNA z génov kódujúcich proteín do GenBank je nepridanie informácií o kódujúcej oblasti (často skrátené ako CDS) alebo nesprávne definovanie CDS. Neúplné alebo nesprávne informácie CDS vám zabránia priradiť prístupové čísla k vášmu súboru údajov predloženia, existuje však postup, ktorý vám pomôže vyriešiť akékoľvek problémy s anotáciou funkcie CDS: vykonanie analýzy BLAST s vašimi sekvenciami predtým odošlete svoje údaje.

POZNÁMKA: Od zverejnenia tohto blogu sme zmenili zobrazovanie výsledkov vyhľadávania BLAST. Aktualizované pokyny na používanie Nucleotide BLAST (blastn), ktoré vám pomôžu pri riešení problémov s anotáciou kódujúcej oblasti, nájdete v článkoch v Centre podpory NCBI.

Tu je návod, ako používať nukleotidový BLAST (blastn) a ponuku možností formátovania na analýzu, interpretáciu a odstraňovanie problémov s vašimi príspevkami:

1. Ak chcete spustiť analýzu BLAST, prejdite na domovskú stránku BLAST a vyberte “nukleotid blast”.


Pripravované zmeny v databázach EST a GSS

Aktualizácia: NCBI je teraz v procese zlučovania záznamov EST a GSS do databázy nukleotidov a očakávame, že tento proces dokončíme začiatkom roka 2019. Identifikátory Accession.version a GI sa počas tohto procesu nezmenia.

Od 1. decembra 2018 budú všetky záznamy z databáz pre expresné sekvenčné značky (EST) a sekvencie genómového prieskumu (GSS) uložené v databáze nukleotidov NCBI. Táto zmena poskytne jediný prístupový bod pre všetky sekvenčné údaje GenBank so spoločným vzhľadom.

Prečítajte si viac o tom, ako táto zmena ovplyvňuje tieto zdroje:

  • Webové stránky (Entrez)
  • API (elektronické nástroje)
  • FTP stránky
  • Postupy predkladania
  • BLAST
  • TSA (pozrite sa, ak nie ste oboznámení!)

Ako hľadať proteínovú sekvenciu konkrétnych taxónov v NCBI? - Biológia

Váš košík je momentálne prázdny. i <p>Pri prehliadaní rôznych proteínov UniProt môžete použiť „košík“ na ich uloženie, aby ste sa neskôr mohli vrátiť a nájsť alebo analyzovať.<p><a href='/help/basket' target='_top'> Viac. </a></p>

Vyberte položku(y) a kliknite na „Pridať do košíka“, aby ste si tu vytvorili vlastnú kolekciu
(max. 400 záznamov)

Odkiaľ pochádzajú proteínové sekvencie UniProtKB?

Posledná úprava 6. decembra 2019

Viac ako 95 % proteínových sekvencií poskytovaných UniProtKB pochádza z prekladov kódujúcich sekvencií (CDS) predložených zdrojom nukleotidových sekvencií EMBL-Bank/GenBank/DDBJ (International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)). Tieto CDS sú buď generované programami na predikciu génov, alebo sú experimentálne dokázané. Identifikátor proteínu ("protein_id") je priradený k preloženému CDS a možno ho nájsť v originálnom zázname EMBL-Bank/GenBank/DDBJ a v príslušnom zázname UniProtKB.

Preložené sekvencie CDS sa automaticky prenesú do sekcie TrEMBL UniProtKB. Záznamy TrEMBL je možné vybrať pre ďalšiu manuálnu anotáciu a potom ich integrovať do sekcie UniProtKB/Swiss-Prot. "Proteín_id" je uvedený v časti s krížovými odkazmi v sekcii 'Sekvencia' položiek UniProtKB (pozri napríklad P13744 'Preklad').

Okrem preložených CDS môžu proteínové sekvencie UniProtKB pochádzať z:

  • databázy PNR.
  • sekvencie experimentálne získané priamym proteínovým sekvenovaním, Edmanovou degradáciou alebo MS/MS experimentmi a predložené UniProtKB/Swiss-Prot. Len asi 5 % záznamov UniProtKB/Swiss-Prot obsahuje sekvenčné údaje získané priamym sekvenovaním proteínov (zoznam záznamov s kľúčovým slovom 'Priame sekvenovanie proteínov').
  • sekvencie naskenované z literatúry (napr. PRF alebo iný projekt skenovania časopisov).
  • sekvencie odvodené z génovej predikcie, ktoré neboli predložené EMBL-Bank/GenBank/DDBJ (Ensembl, Ensembl Genomes, WormBase ParaSite alebo VectorBase) (1), RefSeq, CCDS atď.
  • sekvencie odvodené z vlastnej génovej predikcie vo veľmi špecifických prípadoch.

FAQ Obsahuje UniProtKB všetky proteínové sekvencie? poskytuje informácie o našich zásadách vylúčenia proteínovej sekvencie UniProtKB, napr. pre nadbytočné proteómy.

(1) V spolupráci s Ensembl pre druhy stavovcov, Ensembl Genomes pre druhy bez stavovcov, WormBase ParaSite pre parazitické háďatká a VectorBase pre patogénne vektorové genómy boli vyvinuté doplnkové potrubia na import proteínových sekvencií. Okrem toho nový plynovod importuje vybrané neredundantné genómy anotované NCBI RefSeq. Tieto zdroje poskytujú proteómové sekvencie pre množstvo kľúčových genómov osobitného záujmu, kde v predložení INSDC chýba anotácia génového modelu.

K dnešnému dňu sa toto potrubie používa na naplnenie UniProtKB ďalšími predpovedanými sekvenciami pre ľudské a myšacie proteómy, ako aj množstvo ďalších dôležitých druhov stavovcov a bezstavovcov. Pozri: Čo sú to proteómy?


Ako hľadať proteínovú sekvenciu konkrétnych taxónov v NCBI? - Biológia

Váš košík je momentálne prázdny. i <p>Pri prehliadaní rôznych proteínov UniProt môžete použiť „košík“ na ich uloženie, aby ste sa neskôr mohli vrátiť a nájsť alebo analyzovať.<p><a href='/help/basket' target='_top'> Viac. </a></p>

Vyberte položku(y) a kliknite na „Pridať do košíka“, aby ste si tu vytvorili vlastnú kolekciu
(max. 400 záznamov)

Ako získať sady proteínových sekvencií?

Posledná úprava 26. januára 2021

Záznamy UniProtKB sú dostupné v troch formátoch súborov – Flat Text, XML a RDF/XML. Záznamy UniProtKB v týchto formátoch obsahujú iba jednu proteínovú sekvenciu, takzvanú „kanonickú“ sekvenciu. Kanonické sekvencie UniProtKB sú dostupné aj vo formáte FASTA, rovnako ako ďalšie manuálne upravené sekvencie izoforiem, ktoré sú opísané v UniProtKB/Swiss-Prot. Nižšie popíšeme, ako sa dá k týmto súpravám pristupovať.

Okrem preddefinovaných formátov FASTA, XML, RDF/XML a textových formátov je možné výsledky vyhľadávania stiahnuť aj vo formáte oddelenom tabulátorom alebo vo formáte Excel, ktorý odráža vaše vlastné prispôsobiteľné nastavenia stĺpcov.

Načítavanie sekvencií z webovej stránky

  • Vykonajte svoj obľúbený dotaz a zobrazte výsledný zoznam záznamov (napr. tento dotaz načíta všetky záznamy UniProtKB, ktoré sú súčasťou ľudského proteómu: proteóm:UP000005640)
  • Kliknite na Stiahnuť ▼ na stránke s výsledkami dopytu
  • Vyberte požadovaný formát sťahovania (Flat Text, XML, RDF/XML, tabulátorom oddelené, Excel alebo FASTA, ak sú potrebné ďalšie izoformné sekvencie)
    • Voľba Plochý text , XML alebo RDF/XML umožňuje získať všetky položky (a ich kanonické sekvencie) zo zoznamu výsledkov v požadovanom formáte.
    • Výber formátu FASTA (kanonický) umožňuje získať všetky kanonické sekvencie zo zoznamu výsledkov dotazu. To môže zahŕňať kanonické sekvencie zo záznamov UniProtKB/Swiss-Prot a/alebo UniProtKB/TrEMBL.
    • Výber možnosti FASTA (canonical and isoform) umožňuje získať všetky kanonické sekvencie plus všetky manuálne skontrolované sekvencie izoforiem opísané v UniProtKB/Swiss-Prot. Tieto manuálne skontrolované izoformné sekvencie sú dostupné ako samostatné sekvencie vo formáte FASTA iba v rámci tejto rozšírenej stiahnuteľnej sady.
    • Ak vyberiete možnosť Oddelené tabulátorom alebo Excel, umožní vám to získať tabuľku výsledkov vyhľadávania, ktorá odráža stĺpce, ktoré ste sa rozhodli zahrnúť.

    Ak chcete automatizovať vyššie uvedené, prečítajte si časť Sťahovanie údajov v každom vydaní UniProt našej dokumentácie k programovému prístupu.


    CATH / Gene3D v4.3

    3D štruktúra

    Zistite, akú 3D štruktúru prijíma váš proteín

    Evolúcia proteínov

    Získajte informácie o konkrétnej rodine proteínov a o tom, ako sa vyvinula

    Funkcia bielkovín

    Preskúmajte funkciu svojho proteínu

    Zachované lokality

    Pozrite sa na proteínové miesta, ktoré sú vysoko konzervované a podieľajú sa na funkcii

    Stiahnite si údaje

    Stiahnite si dátové súbory a požiadajte CATH cez webové služby

    Uč sa viac

    Zistite, ako sa vytvára a udržiava CATH, ako sa prepojiť s CATH a ďalšie

    Čo je CATH-Gene3D?

    CATH je klasifikácia proteínových štruktúr stiahnutá z Protein Data Bank. Proteínové domény zoskupujeme do superrodín, keď existuje dostatok dôkazov, že sa odchyľujú od spoločného predka.

    Gene3D využíva informácie v CATH na predpovedanie umiestnenia štrukturálnych domén na miliónoch proteínových sekvencií dostupných vo verejných databázach. To nám umožňuje zahrnúť ďalšie anotácie do databázy CATH-Gene3D, ako sú funkčné informácie a zvyšky aktívnych miest.

    Ak máte akékoľvek otázky, pripomienky alebo návrhy, kontaktujte nás prostredníctvom Twitteru, položte otázku v našom online fóre alebo navštívte našu stránku podpory.

    Informácie o najnovších štatistikách vydania

    CATH-Plus 4.3.0 CATH (denná snímka)
    Zverejnenie PNR 01-07-2019 21-06-2021
    domény 500238 536769
    Superrodiny 5481 6631
    Komentované PNR 150885 171852

    Gene3D v21
    Proteínové sekvencie82,665,384
    Predpovede domény CATH151,013,797

    Citujúc tento zdroj

    Ak považujete informácie v tomto zdroji za užitočné, zvážte použitie nasledujúcich citácií:


    Ako hľadať proteínovú sekvenciu konkrétnych taxónov v NCBI? - Biológia

    Váš košík je momentálne prázdny. i <p>Pri prehliadaní rôznych proteínov UniProt môžete použiť „košík“ na ich uloženie, aby ste sa neskôr mohli vrátiť a nájsť alebo analyzovať.<p><a href='/help/basket' target='_top'> Viac. </a></p>

    Vyberte položku(y) a kliknite na „Pridať do košíka“, aby ste si tu vytvorili vlastnú kolekciu
    (max. 400 záznamov)

    Nový portál UniProt pre najnovšie položky a receptory proteínov koronavírusu SARS-CoV-2, aktualizované nezávisle od všeobecného cyklu vydávania UniProt.

    Nadchádzajúce zmeny
    V súčasnosti nie sú plánované žiadne zmeny

    UniProt vydanie 2021_03
    Dôležitosť byť neusporiadaný | Predpovede MobiDB-lite pre vnútorne neusporiadané oblasti | UniProtKB cez AWS Open Data a Amazon.

    UniProt vydanie 2021_02
    S malou pomocou môjho priateľa | Vizualizácia subcelulárnej polohy SwissBioPics | Zmena kódov evidencie pre kombinačnú evidenciu

    UniProt vydanie 2021_01
    (Takmer) všetko o tom CBASS | Krížové odkazy na VEuPathDB | Zmeny v humsavar.txt a súvisiacich kľúčových slovách | Referenčné proteómy na stiahnutie.

    UniProt vydanie 2020_06
    Jedy, zlaté bane pre nové antiprotozoálne lieky | Odstránenie krížových odkazov na KO

    Začíname

    Textové vyhľadávanie
    Naše základné textové vyhľadávanie vám umožňuje prehľadávať všetky dostupné zdroje

    BLAST
    Nájdite oblasti podobnosti medzi vašimi sekvenciami

    Zarovnania sekvencií
    Zarovnajte dve alebo viac proteínových sekvencií pomocou programu Clustal Omega

    Získať/ID mapovanie
    Dávkové vyhľadávanie s UniProt ID alebo ich konverzia na iný typ ID databázy (alebo naopak)

    Vyhľadávanie peptidov
    Nájdite sekvencie, ktoré sa presne zhodujú s dopytovanou peptidovou sekvenciou

    Údaje UniProt

    Štatistiky
    Pozrite si štatistiky Swiss-Prot a TrEMBL

    Odošlite svoje údaje
    Odošlite svoje sekvencie, publikácie a aktualizácie anotácií

    Programový prístup
    Dopytujte dáta UniProt pomocou API poskytujúcich služby REST, SPARQL a Java

    Proteínový reflektor

    Zvláštna architektúra

    Priestor, v ktorom sa ľudia vyvíjajú, je rozdelený na časti. Uľahčuje to život. Každá časť je venovaná určitej činnosti. Máme domy, v ktorých môžeme bývať, bazény, v ktorých sa dá plávať, reštaurácie, v ktorých sa stretávame, vlaky, ktorými sa dá cestovať, cesty, po ktorých sa dá jazdiť a kancelárie, v ktorých sa dá pracovať. Aj bunky sú rozdelené na časti a tie sú známe ako organely alebo priehradky a hellip.


    Informácie o autorovi

    Afiliácie

    Center for Molecular Medicine & Genetics, Wayne State University School of Medicine, Detroit, MI, 48201, USA

    Guozhen Liu, Monica Uddin, Morris Goodman, Lawrence I Grossman, Roberto Romero a Derek E Wildman

    Katedra počítačovej vedy, Wayne State University, Detroit, MI, 48201, USA

    Ústav anatómie a bunkovej biológie, Lekárska fakulta Wayne State University, Detroit, MI, 48201, USA

    Perinatologická výskumná pobočka, NICHD/NIH/DHHS, Bethesda, MD, 20892, USA

    Roberto Romero a Derek E Wildman

    Tohto autora môžete vyhľadať aj v službe PubMed Google Scholar

    Tohto autora môžete vyhľadať aj v službe PubMed Google Scholar

    Tohto autora môžete vyhľadať aj v službe PubMed Google Scholar

    Tohto autora môžete vyhľadať aj v službe PubMed Google Scholar

    Tohto autora môžete vyhľadať aj v službe PubMed Google Scholar

    Tohto autora môžete vyhľadať aj v službe PubMed Google Scholar

    Tohto autora môžete vyhľadať aj v službe PubMed Google Scholar

    Zodpovedajúci Autor



Komentáre:

  1. Tunris

    your thinking is magnificent

  2. Taulmaran

    je vyčistený

  3. Gardajin

    Eh this crisis spoils everything for us

  4. Beiste

    Is grateful for the help in this matter, how can I thank you?

  5. Glendon

    Yes it is all a fantasy

  6. Brentan

    I am sorry, that I interfere, but, in my opinion, this theme is not so actual.



Napíšte správu