Informácie

25.3: Nástroje a techniky - Biológia

25.3: Nástroje a techniky - Biológia


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Syntetická biológia spája mnoho oblastí a použité techniky nie sú špecifické pre syntetickú biológiu. Keď sa vytvorí návrh alebo vyhlásenie o požadovaných vlastnostiach biologického systému, problémom sa stáva nájsť vhodné biologické komponenty na vybudovanie takéhoto systému.

BioCompiler [1] je nástroj vyvinutý na umožnenie programovania biologických obvodov pomocou vysokoúrovňového programovacieho jazyka. Programy je možné napísať v jazyku podobnom LISP a ich program zostaviť do biologického obvodu. BioCompiler používa proces podobný procesu kompilátora pre programovací jazyk. Používa človekom napísaný program ako vysokoúrovňový popis genetického okruhu a potom generuje formálny popis programu. Odtiaľ vyhľadá časti abstraktnej genetickej regulačnej siete, ktoré možno skombinovať na vytvorenie genetického okruhu, a prejde svojou knižnicou častí DNA, aby našiel vhodné sekvencie, ktoré zodpovedajú funkcii častí abstraktnej genetickej regulačnej siete. Potom môžu byť generované montážne pokyny na vytvorenie buniek s vhodnou genetickou regulačnou sieťou.

Obrázok 26.5: Príklad programu BioCompiler a procesu jeho aktualizácie (poďakovanie Ronovi Weissovi)

Štandardné biologické časti BioBrick (biobricks.org) sú ďalším nástrojom používaným v syntetickej biológii. Podobne ako časti v Registri štandardných biologických častí, štandardné biologické časti BioBrick sú sekvencie DNA s definovanou štruktúrou a funkciou. Každá časť BioBrick je sekvencia DNA držaná pohromade v kruhovom plazmide. Na každom konci BioBrick obsahuje známu a dobre definovanú sekvenciu s reštrikčnými enzýmami, ktoré môžu rozrezať plazmid v známych pozíciách. To umožňuje vytváranie väčších častí BioBrick spojením menších. Niektorí konkurenti v súťaži iGEM použili systémy BioBrick na vývoj radu E. coli, ktorý produkoval vône ako banán alebo mäta.


Hurá! Objavili ste titul, ktorý v našej knižnici chýba. Môžete pomôcť darovať kópiu?

  1. Ak ste vlastníkom tejto knihy, môžete ju poslať poštou na našu adresu uvedenú nižšie.
  2. Túto knihu si môžete zakúpiť aj u predajcu a poslať ju na našu adresu:

Keď si kúpite knihy pomocou týchto odkazov, internetový archív môže získať malú províziu.


Abstraktné

Pochopenie zložitých biologických systémov si vyžaduje rozsiahlu podporu softvérových nástrojov. Takéto nástroje sú potrebné v každom kroku výpočtového pracovného toku systémovej biológie, ktorý zvyčajne pozostáva zo spracovania údajov, sieťovej inferencie, hĺbkového spracovania, dynamickej simulácie a analýzy modelu. Okrem toho teraz existujú snahy o vývoj integrovaných softvérových platforiem, aby bolo možné nástroje, ktoré používajú v rôznych fázach pracovného toku a rôzni výskumníci, jednoducho používať spoločne. Tento prehľad popisuje typy softvérových nástrojov, ktoré sa vyžadujú v rôznych štádiách výskumu systémovej biológie a aktuálne možnosti, ktoré sú dostupné pre výskumníkov systémovej biológie. Diskutujeme tiež o výzvach a perspektívach modelovania účinkov genetických zmien na fyziológiu a koncepciu integrovanej platformy.


Pozri si video: Systém živočíchov (Február 2023).